Organizacja
Tworzenie zakładów i innych jednostek organizacyjnych przedsiębiorstwa państwowego, system kontroli wewnętrznej, stosunki prawne między jednostkami organizacyjnymi wchodzącymi w skład przedsiębiorstwa oraz zasady występowania w stosunkach prawnych z innymi jednostkami organizacyjnymi określa statut przedsiębiorstwa.
Regulamin organizacyjny przedsiębiorstwa państwowego określa szczegółowo zakres działania, podział czynności i odpowiedzialność osób pełniących funkcje kierownicze i samodzielne w przedsiębiorstwie. Regulamin organizacyjny przedsiębiorstwa ustala dyrektor po zasięgnięciu opinii rady pracowniczej.
Zgodnie ze Statutem i Regulaminem Organizacyjnym w skład struktury organizacyjnej PŻM P.P. wchodzą następujące jednostki i komórki podlegające bezpośrednio Dyrektorowi Naczelnemu:
- Pion Zarządzania,
- Pion Finansowy,
- Pion Techniczny,
- Zakład Eksploatacji Floty,
- Biuro Dyrektora Naczelnego,
- Dział Bezpieczeństwa Żeglugi,
- Dział BHP,
- Dział Zarządzania Bezpieczeństwem Statków i Ochrony,
- Zespół Radców Prawnych,
- Dział Kontroli Wewnętrznej.